卷一/太阳篇上辨列太阳条例大意太阳正治法第一太阳病脉证三条桂枝汤脉证七条桂枝汤禁三条麻黄汤脉证七条合病证治六条辨伤寒受病阴阳不同一条太阳病愈时日及欲解之候与传经之证六条太阳权变法第二不可发汗例十条桂枝
绪言卷一摄生第一阴阳第二脏象上第三脏象下第三卷二脉色上第四脉色下第四经络上第五卷三经络下第五标本第六气味第七论治第八卷四疾病第九病机邪气阴阳卷四疾病第十经脏虚实时令卷五疾病第十一五气情志风厥伤寒卷五疾
自叙卷上·经络脏腑无气存亡论躯壳经络脏腑论表里上下论阴阳升降论治病必分经络脏腑论治病不必分经络脏腑论肾藏精论一脏一腑先绝论君火相火论卷上·脉诊脉决死生论症脉轻重论脉症与病相反论卷上·病中风论臌膈论寒热
序论痘疹受病之由论痘疹治法类集痘疹已效名方附方附：
张序自序卷上经义论证阴虚论治阳虚论治咳嗽失血骨蒸遗精女人月闭诸虚见症论虚损劳瘵论虚损传变论五劳七伤六极辨虚火论脉论爪论嚏虚损危候辨似损非损卷下六味地黄丸八味丸（崔氏）大补元煎（新方）左归饮（新方）右归
简介自序集之一·初生门集之二·肝脏部集之三·心脏部一集之四·心脏部二集之五·心脏部三集之六·心脏部四集之七·脾脏部（上）集之八·脾脏部（下）卷之九·肺脏部·肾脏部
缪序卷一一、卒尸二、痹三、？（痉）四、痿五、厥六、伤寒六经余证七、大头肿痛（附:蛤蟆瘟）蛤蟆瘟八、霍乱九、瘟病十、伤暑十一、疟十二、疸十三、劳（劳极 烦热 劳瘵）劳极烦热劳瘵卷二十四、热十五、吐衄下血
简介卷上伤寒门初病说伤风伤寒外感伤食伤暑大满发汗寒热真假辨乍寒乍热辨真热症方用真寒症方用假热症方用假寒症方用真热假寒真寒假热上热下寒循衣撮空结胸扶正散邪汤火证门泻火汤总方火症火越燥症治火丹神方消食病痿
简介张序祁序女科上卷带下白带下（一）青带下（二）黄带下（三）黑带下（四）赤带下（五）血崩血崩昏暗（六）年老血崩（七）少妇血崩（八）交感出血（九）郁结血崩（十）闪跌血崩（十一）血海太热血崩（十二）鬼胎妇
前言辅行诀脏腑用药法要一 辨肝脏病证文并方二 辨心脏病证文并方三 辨脾脏病证文并方四 辨肺脏病证候文并方五 辨肾脏病证文并方六 五脏泻方七 救五脏诸劳损病方八 二旦六神大小汤九 救五脏中恶卒死方附录