绪言第一卷温热总论论温热四时皆有（添加）论温热五种辨法论温热与风寒各异论温热伏气与新感不同（添加）论温热即是伏火（添加）论湿火之症治论燥火之症治论温热本症疗法（添加）论温热兼症疗法其一兼风其二兼寒其三
卷一明堂灸经序铜人针灸经序太平圣惠方针经序流注针经序常山阎明广序燕山牛良 序资生经序赵编序大德丁未阆中郡蒲登辰序流注指微针赋针经标幽赋流注通玄指要赋九针论灸刺论卷二论针之名论三阳三阴经脉论虚实补泻论下
奇经八脉总说八脉阴维脉阳维脉二维为病阴跷脉阳跷脉二跷为病冲脉冲脉为病任脉任脉为病督脉督脉为病带脉带脉为病气口九道脉释音
《仁斋直指》序卷之一总论五脏所主论五脏病证虚实论诸阴诸阳论血营气卫论脉病逆顺论男女气血则一论问病论论《易简方论》附∶原脉论（出《保命集》）附论五篇（出《丹溪心法》）附∶十二经脉歌火湿分治论虚实分治论附
绪言卷一摄生第一阴阳第二脏象上第三脏象下第三卷二脉色上第四脉色下第四经络上第五卷三经络下第五标本第六气味第七论治第八卷四疾病第九病机邪气阴阳卷四疾病第十经脏虚实时令卷五疾病第十一五气情志风厥伤寒卷五疾
黄帝素问宣明论方
凡例卷一九恨十三不可学十传摹看手指筋纹乃医家异教说治病不可关门杀贼说治病不可开门揖盗说汤方内更换药味说看病秘诀死症辨卓溪家传口诀推拿代药赋卷二阐明五脏生克以知补母泻子辨脐风辨胎寒辨胎热辨胎毒发丹辨胎惊
简介自序东洞先生著述书日记卷上卷中卷下跋《药征续编》序卷上卷下《药征续编》附录《药征续编》附言十七则
序卷一月经门经论女子月事属太冲脉盛经论女子血海属于少阴一经经论女子经水温寒与天地相应女子月事本血室以时而下论女子月经本任冲二脉血海有余论女子月事本任督二脉血海之满论妇人月水本于四经论女子天癸之至名月信
原序附刊丹方补遗序自序凡例贸药辨真假诸症歌诀单方经验丹方汇编中风预防中风风气痛（附痿症、脱颏）虚劳血证肿胀反胃噎膈痰饮咳嗽梦遗白浊伤寒瘟疫（附冒风寒方）疟疾痢疾肠风下血便血淋漓并小便闭塞霍乱吐泻（附痧