序卷一水火天雨水立春节雨水梅雨水液雨水腊雪水冰露水半天河水屋漏水冬霜冰雹水方诸水千里水井水节气水山岩泉水乳穴水温泉海水古冢中水磨刀水地浆浆水齑水甑气水熟汤生熟汤诸水有毒燧火桑柴火灶下灰火艾火卷二谷类粳
序一序二序三序四卷一（礼集）正医法反医法顺医法逆医法内治法外治法完治法碎治法大治法小治法偏治法全治法生治法死治法卷二（乐集）上治法中治法下治法先治法后治法急治法缓治法本治法末治法不内外治法阴治法阳治法
序卷之一诸中门中风中气中寒中暑中湿中恶厥卷之二诸伤门伤风寒伤暑伤湿伤酒伤食伤食泻卷之三诸气门七气痞塞积聚肿蛊胀香港脚阴气手气小肠气卷之四诸血门鼻衄舌衄肌衄牙宣吐血咯血嗽血小便血破伤血（见疮毒 扑证）大
通俗序壶天性果女丹十则（一卷）第一则·养真化气第二则·九转炼形第三则·运用火符第四则·默运胎息第五则·广立功行第六则·志坚行持第七则·调养元神第八则·移神出壳第九则·待度飞升第十则·了道成真女金丹序上
秘藏膏丹丸散方剂
许氏医案
《卫生易简方》序进《卫生易简方》表稿卷之一诸风诸寒诸暑诸湿伤寒卷之二头风头痛眩晕霍乱呕吐泄泻诸痢诸疟脾胃五噎反胃咳嗽卷之三痰饮喘急咳逆诸气疝气心痛腰胁痛发痧脚气五痹五疸卷之四虚劳骨蒸劳瘵泄精赤白浊吐血
序凡例卷上温病总论伤寒温病辨（四则）风温上焦篇风温中焦篇风温下焦篇卷下湿温上焦篇湿温中焦篇湿温下焦篇附温病治法要略附方
序自序辨病源第一辨经络第二辨色第三辨脉第四辨手太阴本病症治第五辨手少阳标病第六辨手少阴标病第七辨三经标本并病第八辨救误上第九辨救误下第十辨善后第十一辨外治第十二辨禁忌第十三辨张氏无治之症第十四辨耐修药
本草乘雅半偈自序本草乘雅义例别录〔衍〕本草乘雅凡例乘雅半偈采录诸书大意第一帙紫芝青芝赤芝黄芝白芝黑芝人参甘草黄蓍实菟丝子莲实茯苓柏实云母丹砂菖蒲赤箭薯蓣干地黄枸杞菊花麦门冬太一余粮石钟乳龙骨蜂蜜第二帙