序卷之一头目卷之二耳鼻舌卷之三口面项喉卷之四心神卷之五胸腹卷之六身卷之七背手足卷之八溺孔肛门
简介1、本草分经2、海药本草3、神农本草经百种录4、食鉴本草5、吴普本草
自序凡例（六则）卷一 中风门中风（类中导入）卷二 诸伤门伤寒暑（参绪论暑证）湿（湿热）燥火伤饮食劳倦虚损（传尸）卷三 寒热门发热热潮热恶寒（背恶寒）振寒战栗寒热疟厥卷三 诸气门上气郁痞满腹满水
叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
简介序凡例卷一卷二卷三卷四卷五卷六
秘藏膏丹丸散方剂
宣明方论
卷上勿药须知疗心法言林鉴堂安心诗养心说养肝说养脾说养肺说养肾说斋说食忌说食饮以宜居室安处论居处宜忌说寝室宜忌说卧时祝法睡诀孙真人卫生歌真西山卫生歌养神气铭孙真人养生铭谨疾箴导引却病法内养下手诀运气法固
序一序二序三序四序五述古八则麻疯二十一论麻疯三十六种辨症图说五不治（轻亦可治）五主治内治九法外治六法疯门总论疯门总药正治诸方变治诸方攻下诸方外治诸方点痣法瘰烂法雷火针法千金方
卷一活幼指南赋慈幼敬心赋卷二小儿总治法小儿初生脐风小儿变蒸小儿胎疾小儿五脏部位五脏外症看小儿虎口纹脉法小儿夜啼惊风吐泻痢疾小儿疟疾咳嗽疳痨伤食伤风浮肿口疮疥疮染症五脏外症五软病症卷三水镜诀指掌形图入门