中风虚劳咳嗽失音肺痿呃逆吐血衄血便血哮喘痰饮痞疝积聚痹痿痉厥癫痫三消郁肿胀遗精淋浊呕吐噎膈吐蛔痛头风温热疫毒疹暑湿黄胆疟疾痢泄泻便闭五窍
绪言卷一摄生第一阴阳第二脏象上第三脏象下第三卷二脉色上第四脉色下第四经络上第五卷三经络下第五标本第六气味第七论治第八卷四疾病第九病机邪气阴阳卷四疾病第十经脏虚实时令卷五疾病第十一五气情志风厥伤寒卷五疾
第1部分第2部分第3部分
卷一针道源流针灸直指针灸方宜始论刺热论刺疟论刺咳论刺腰痛论奇病论刺要论刺齐论刺志论长刺节论皮部论经络论骨空论刺水热穴论调经论缪刺论经刺论巨刺论手足阴阳流注论卫气行论诊要经终论刺禁论刺法论五刺应五脏论：
缪序卷一一、卒尸二、痹三、？（痉）四、痿五、厥六、伤寒六经余证七、大头肿痛（附:蛤蟆瘟）蛤蟆瘟八、霍乱九、瘟病十、伤暑十一、疟十二、疸十三、劳（劳极 烦热 劳瘵）劳极烦热劳瘵卷二十四、热十五、吐衄下血
叙言卷一调经古今方十九首种子时方三首外备方三首卷二胎前金匮方八首时方九首卷三产后金匮方论一十一首卷四杂病金匮方一十九首外科眼目瘰乳痈乳岩（附）乳缩乳卸附∶妇人阴挺论续记
秘传刘伯温家藏接骨金疮禁方
宣明方论
肠痈急劳走马牙疳西法化验倒视痧秽宜嚏、过饱宜吐痧症、鼠疫寒包暑热久咳、风温咳风寒二便不通神昏谵语（一）用药分量胎黄鼻衄湿温、疝气、风疹、热入血室、阳明经白虎证、天花、时气肝气为湿热所遏 痘不化浆神昏谵
自序经脉肺手太阴之脉手太阴肺经图肺经诸穴歌又分寸歌大肠手阳明之脉手阳明大肠经图大肠经诸穴歌又分寸歌胃足阳明之脉足阳明胃经图胃经诸穴歌又分寸歌脾足太阴之脉足太阴脾经图脾经诸穴歌又分寸歌心手少阴之脉手少阴