序发凡卷一补养之剂六味地黄丸附桂八味丸知柏八味丸七宝美髯丹还少丹黑地黄丸虎潜丸天真丸三才封髓丹大造丸补天丸人参固本丸参乳丸天王补心丹孔圣枕中丹大补阴丸滋肾丸（又名通关丸）斑龙丸龟鹿二仙膏补火丸唐郑相国
产宝诸方
伤寒直格方
走马急疳真方
简介序卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九卷十
简介弁言凡例卷一 内症门卷二 外科门卷三 妇科门卷四 儿科门卷五 奇急门
简介《本草纲目》原序《本草纲目》疏《本草纲目》凡例第一卷 序例上第二卷 序例下第三卷 百病主治药（一）第四卷 百病主治药（二）第五卷 水部第六卷 火部第七卷 土部第八卷 金石部第九卷 石部（一）第十卷
凡例上卷小儿初受气论受胎论小儿形证歌颅囟要略择乳母论慎护论护持歌调理五法长寿无病歌寿夭歌杂病证候歌一见生死歌恶症十五候通真子诊脉歌诊脉歌诊脉快捷方式歌五经统论变蒸赋变蒸日例看三关证经诀入门辩症歌相手指
序产后总论胞衣不下块痛血崩血晕手足厥冷类伤寒类中风类疟妄言妄见气短发喘咳嗽自汗盗汗大便不通小便不通呕吐不纳谷伤食膨胀泄泻痢疾烦闷产后调护法
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一