《仁斋直指》序卷之一总论五脏所主论五脏病证虚实论诸阴诸阳论血营气卫论脉病逆顺论男女气血则一论问病论论《易简方论》附∶原脉论（出《保命集》）附论五篇（出《丹溪心法》）附∶十二经脉歌火湿分治论虚实分治论附
序自序上集伤寒正名论王叔和辟泥四时论病之谬辟泥日数分经之谬论陶节庵论吴又可诸家编次司天运气分别阴阳十二经离合察脉大法寸口脉论趺阳少阴脉论脉分阴阳死生论仲景六经辨证与内经热病论互异辨中风一辨中风二辨中风
黄庭内景五藏六府图
叙卷之上卷之下
序叙论痈疽发背第一服药通变方第二荣卫返魂汤用敷贴温药第三冲和仙膏敷贴热药第四回阳玉龙膏敷贴凉药第五洪宝丹合用诸方第六黄矾丸柞木饮子三石散栝蒌散真君妙贴散追风丸搜损寻痛丸复煎散神锋散乌金散索血散葛根汤散
简介叙题辞序凡例卷之一卷之二卷之三卷之四卷之五卷之六卷之七卷之八跋
秘藏膏丹丸散方剂
祝由十三科
序卷上辩血辩气辩两肾辩三焦辩包络辩督脉辩脏腑阴阳辩九窍辩七门春伤于风夏生飧泄，秋伤于湿冬生咳嗽冬伤于寒春必病温，夏伤于暑秋必疟亢则害承乃制制则生化上部有脉下部无脉，其人当吐不吐者死东方实西方虚，泻南方
嘱言上编总论歌痈疽总论痈疽总论歌痈疽总论歌解痈疽阳症歌痈疽阴症歌阴阳相半歌痈疽善恶歌痈疽五善歌痈疽七恶歌诸般坏症歌中编处方篇锅烈制法金丹制法石青制法银翠制法附∶灵药释性第一方·中九丸第二方·金蚣丸第三