序序论第一果实第二（二十九条）菜蔬第三（五十八条）谷米第四（二十七条）鸟兽第五（四十条）
原序自序卷一脉论辨五脏六腑部位脉法辨人迎三部趺阳九候五脏六腑脉法诊诸病证脉法辨脉形及变化所主病证法卷二寒证热证风食风湿疟疾痹证劳伤气病血证卷三诸积诸痛眩晕厥证痰饮消证疸病卷四咳嗽喘证呕吐小便妇人科
自序白苔舌总论黄苔舌总论黑苔舌总论灰色舌总论红色舌总论紫色舌总论霉酱色苔舌总论蓝色苔舌总论妊娠伤寒舌总论
石山医案
卫济宝书
首序自序性命篇上性命篇下补遗篇一补遗篇二辟邪篇太极图说注解序周子太极图（缺）无极而太极后跋
序卷一脉诀辨惑论脉赋诊脉入式歌卷二心脏歌心脉见于三部歌心脉歌肝脏歌肝脉见于三部歌肝脉歌肾脏歌肾脉见于三部歌肾脉歌肺脏歌肺脉见于三部歌肺脉歌脾脏歌脾脉见于三部歌脾脉歌卷三七表八里脉总论七表脉交变略例论浮
徐序自序卷上脏腑经络先后病脉证第一痉湿病脉证治第二百合狐惑阴阳毒病证治第三疟病脉证并治第四中风历节病脉证并治第五血痹虚劳病脉证并治第六肺痿肺痈咳嗽上气病脉证治第七卷中奔豚气病脉证治第八胸痹心痛短气病脉
序序二附录十二经见证不治已病治未病亢则害承乃制审察病机无失气宜能合色脉可以万全治病必求于本卷一中风一中寒二（附伤寒、伤风）中暑三（附暑风、注夏）中湿四瘟疫五（附大头天行病）火六卷二斑疹七疟八痢九泄泻十
序自叙卷一朝廷对于医者之医方卷二世界对于医者之医方卷三医者自医之医方