一、中风门二、风痹门三、心腹痛门四、霍乱门五、呕吐门六、气门七、痰饮门八、痨瘵门九、胁痛门十、腰痛门十一、香港脚门十二、积聚门十三、脾胃门十四、补益门（一）导引行气法（二）虾蟆行气法（三）入火法（四）
养生随笔
总论各论温病大纲逆传入营流连气分邪留三焦里结阳明卫、气、营、血看法论湿邪察舌白苔黄苔绛舌紫舌淡红舌黑苔验齿辨斑疹辨白疹论妇人温病
卷上春温时疠湿温暑燥病寒病冬温疟疾卷下女科幼科痘科痧疹外科
序凡例自记卷一病机赋经论总抄药性歌（凡二百四十首 添加）卷二真中风一中腑中脏类中风二气虚 附血虚。中气痰火湿痰中寒三外因内因暑证四动而得之静而得之湿证五外因内因燥证六风燥火燥虚燥火证七君火相火郁火五志
自序卷上绪论章第一六法兼施章第二脉诀章第三处方章第四家庭医案章第五卷下悬壶医案章第六药性裁成章第七方诀无隐章第八三子养亲汤霞天膏鹿丸斑龙宴内鹿髓丸外鹿髓丸黄鹤丹青囊丸天一丸异类有情丸女金丹驻阳小丹炼法
伤寒心要论附方【寒】第一双解散【寒】第二小柴胡凉膈天水合服【寒】第四大柴胡合黄连解毒汤【寒】第五大柴胡合三一承气汤【寒】第七瓜蒂散【风】第十一白虎汤【暑】第十四五苓散合天水散【结胸】第二十大小陷胸汤丸
自叙第一册·诸中门卒中暴厥中风中寒中暑中湿中气中食中恶五绝第一册·诸伤门伤暑伤湿伤燥伤饮食伤劳倦虚劳传尸劳第一册·寒热门发热潮热恶寒往来寒热外热内寒外寒内热上热下寒上寒下热疟厥第二册·诸气门诸气郁痞水
妇科总括卷一调经门天癸月经之原妇人不孕之故月经之常月经异常外因经病内因经病不内外因经病血色不正病因气秽清浊病因愆期前后多少经行发热时热经行寒热身痛经行腹痛经行泻吐错经妄行成吐衄崩经水过多兼时下白带调经
本草乘雅半偈自序本草乘雅义例别录〔衍〕本草乘雅凡例乘雅半偈采录诸书大意第一帙紫芝青芝赤芝黄芝白芝黑芝人参甘草黄蓍实菟丝子莲实茯苓柏实云母丹砂菖蒲赤箭薯蓣干地黄枸杞菊花麦门冬太一余粮石钟乳龙骨蜂蜜第二帙