序卷之一头目卷之二耳鼻舌卷之三口面项喉卷之四心神卷之五胸腹卷之六身卷之七背手足卷之八溺孔肛门
序序凡例卷一述原引种预防禁忌辨证卷二论治（上）卷三论治（下）卷四运气选案
电子版序郑钦安原序张仲景原序（校补）前言凡例伤寒恒论一百一十三方总目一百一十三方总目太阳上篇 计一十四方太阳中篇 计三十五方太阳下篇 计一十四方阳明上篇 计四方阳明中篇 计四方少阳篇 计二方合病篇 计
卷之一上草部（山草类）人参珠儿参会兰参潞党参西洋参东洋参高丽参北沙参桔梗甘草葳蕤黄精黄蓍白术苍术天麻秦艽柴胡银州柴胡前胡川独活川独活川独活川独活北细辛远志金毛狗脊淫羊霍巴戟天琐阳肉苁蓉肥白芨参三七地榆
萧序范序朱序何序卷一医工论禀受论初生论回气论洗浴论断脐论相视寿夭论初生服药论中寒论初生不乳论脐风撮口论胎中病论诸不治病卷二五气论心肝脾肺肾乳母论慎护论食忌论大小论诸般色泽纹证论诸色泽候诸处纹状候五脏主
卷上卷下
序一序二卷一运气（上）太极图论阴阳体象五行生成数解五行统论每日气数百刻六千分解四季日躔宿度昼夜长短刻数二十四气七十二候斗纲解十二辰次六合解二十八宿过宫歌二十八宿说中星岁差考奎壁角轸天地之门户说气数统论
叙卷一肿疡（谓疮疡未出脓者）溃疡(谓疮疡已出脓者)溃疡作痛卷二溃疡发热(附恶寒)发背脑疽卷三鬓疽时毒(谓毒发于面鼻耳项)疔疮臀痈(附腿痈并腿痛香港脚)卷四脱疽肺痈肺痿肠痈卷五瘰流注疮疡作渴作呕卷六咽喉
本草图经序本草图经奏敕玉石上品卷第一玉屑玉泉（图缺），文具玉屑条下。丹砂空青曾青（图缺），文附空青条下。绿青扁青，文具绿青条下。石胆云母石钟乳殷孽，文具石钟乳条下。孔公孽，文具石钟乳条下。石花，文具石
序卷上疮科总论五发痈疽论五发痈疽通治方疔疮论瘰论卷下肠痈痔论乳痈论肺痈论诸疳疮论附骨疽论诸疮论疥癣论瘿瘤论疮论便毒论